# Molekulární biologie

# Patologie

# Lymfomy

# Nádory měkkých tkání, nádory CNS

# Karcinomy

# Somatické mutace

# Minimální reziduální/diseminovaná nemoc

# Cirkulující nádorová DNA, cirkulující nádorové buňky, tekutá biopsie

Co nabízíme

- Komplexní pohled na posouzení tkání a buněk s následnou analýzou nukleových kyselin s aplikací molekulárních metod (PCR, RQ-PCR, sekvenování), mikrodisekci z tkání

- Diagnostiku nádorových onemocnění, aplikovaný výzkum a vzdělávání a konzultaci v molekulární diagnostice nádorů

- Diagnostiku lymfomů a sledování minimální zbytkové nemoci

- Diagnostiku nádorů měkkých tkání, zejména sarkomů a sledování minimální diseminované nemoci

- Diagnostiku nádorů centrálního nervového systému

- Prediktivní testování karcinomů (plic, ovárií, kolorektální karcinomy), melanomů, gastrointestinálních stromálních tumorů atd. k cílené biologické léčbě

- Detekci cirkulující nádorové DNA a cirkulujících nádorových buněk

- V rámci mezilaboratorní kontroly poskytujeme vzorky, vyšetření a zhodnocení vyšetření Ig/TCR klonality, detekce minimální reziduální/diseminované nemoci, vyšetření fúzních genů, mutační analýzu, analýzu cirkulující nádorové DNA a cirkulujících nádorových buněk

Know-how & technologie

- Izolace a analýza nukleových kyselin z tkání a z buněk

- Mikrodisekce z tkáňových řezů pro molekulární aplikace

- Detekce klonálních přestaveb imunoglobulínů a T-buněčných receptorů

- Detekce fúzních genů a hledání translokačních partnerů

- Sekvenování první i druhé generace a detekce somatických mutací

- Detekce minimální reziduální/diseminované nemoci

- Izolace cirkulujících nádorových buněk a cirkulující nádorové DNA s následnou molekulární analýzou

Členové týmu

- prof. MUDr. Roman Kodet, CSc.

- RNDr. Markéta Kalinová, Ph.D.

- RNDr. Lenka Krsková, Ph.D.

- RNDr. Jana Szabová, Ph.D.

- Mgr. Markéta Charvátová

- Mgr. Alena Kalfusová

- MUDr. Linda Čapková, Ph.D.

- prof. MUDr. Josef Zámečník, Ph.D.

- prediktivní a referenční laboratoř České republiky

Projekty a spolupráce

- Lymfomová skupina 2. LF UK a FN Motol – spolupráce s Kooperativní lymfomovou skupinou (KLS, resp. Czech Lymphoma Study Group, CLSG).

- Multioborové semináře (Tumor boards)

- Laboratoř nádorové biologie 3. LF UK

- Účast ve vědeckých projektech (GAUK, Výzkumné záměry, OPPK, VaVPI)

Přístrojové vybavení

- MiSeq pro NGS

- genetické analyzátory ABI 3130 a 3500

- Idylla Biocartis

- Bioanalyzer 2100

- laserový mikrodisektor Palm MicroBeam

- kapalinový chromatograf Wave

- přístroje pro kvantitativní PCR (Cobas Z480, LighCyclery, IQcyclery)

- laminární boxy

- CO2 inkubátor atd.

Publikace

- Lokvenc M, Kalinova M, Forsterova K, Klener P, Trneny M, Fronkova E, Kodet R.: Cyclin D1 mRNA as a molecular marker for minimal residual disease monitoring in patients with mantle cell lymphoma. Ann Hematol. 2017 Dec 22.

- Krskova L, Stejskalova E, Kabickova E, Mrhalova M, Kodet R.: A t(4;19) pediatric undifferentiated sarcoma with a novel variant of the CIC-DUX4 fusion transcript. Pathol Res Pract. 2017 Mar;213(3):281–285.

- Kalfusova A, Krskova L, Kalinova M, Linke Z, Kodet R.: Gastrointestinal stromal tumors – quantitative detection of the Ki-67, TPX2, TOP2A, and hTERT telomerase subunit mRNA levels to determine a proliferation activity and a potential for aggressive biological behavior. Neoplasma. 2016;63(3):484–92

- Kalinova M, Fronkova E, Klener P, Forsterova K, Lokvenc M, Mejstrikova E, Belada D, Mocikova H, Trneny M, Kodet R, Trka J.: The use of formalin-fixed, paraffin-embedded lymph node samples for the detection of minimal residual disease in mantle cell lymphoma. Br J Haematol. 2015 Apr;169(1):145–8.

- Krsková L, Mrhalová M, Kalinová M, Campr V, Capková L, Grega M, Háček J, Hornofová L, Chadimová M, Chmelová R, Kodetová D, Zámečník J, Kodet R.: Soft tissue tumors – the view of the molecular biologist. Cesk Patol. 2014 Jul;50(3):132–40. Review.

- Kalinová M, Mrhalová M, Krsková L, Jungbauerová H, Kalfusová A, Manďáková P, Candová J, Soukup J, Campr V, Kodet R.: A complex diagnostic approach in lymphomas: practical aspect in short case reports. Cesk Patol. 2014 Jul;50(3):118–26.

- Kalinová M.: Minimal residual disease – detection possibilities in haematological and non-haematological malignancies. Cesk Patol. 2013 Oct;49(4):131-8. Review.

- Krskova L, Augustinakova A, Drahokoupilova E, Sumerauer D, Mudry P, Kodet R.: Rhabdomyosarcoma: molecular analysis of Igf2, MyoD1 and Myogenin expression. Neoplasma. 2011;58(5):415–23

Zajímá vás tato expertíza?

Kontaktujte CPPT UK

Web: www.cppt.cuni.cz/

Mail: transfer@cuni.cz

Tel.: +420 224 491 255