Co nabízíme

- Sekvenace DNA, včetně celogenomové sekvenace a metagenomických analýz

- Stanovení neznámých bakteriálních a mykotických patogenů v klinických vzorcích pomocí molekulárněmikrobiologických metod (sekvenace genů pro 16S rRNA)

- Identifikace bakterií sekvenačními metodami

- Typizace gramnegativních bakterií pro epidemiologické účely

- Detekce mechanizmů rezistence u gramnegativních bakterií (β-laktamázy, rezistence k fluorochinolonům, rezistence k aminoglykosidům, rezistence ke kolistinu)

- Aplikace hmotnostní spektrometrie v mikrobiologii

- Aplikace Ramanovy spektroskopie v mikrobiologii

Odborné zaměření

Mezi naše výzkumné směry patří:

- epidemiologické studie multirezistentních mikrobů na molekulární úrovni,

- včetně pokročilých analýz mobilních genetických elementů a

- celogenomové sekvenace,

- dále vývoj nových metod pro studium mechanizmů antibiotické rezistence pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie a Ramanovy spektroskopie.

Oblasti výzkumu

Laboratoř antibiotické rezistence a aplikací hmotnostní spektrometrie v mikrobiologii navazuje na dlouhodobě prováděný výzkum rezistence gramnegativních bakterií (Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp.) k β-laktamovým antibiotikům, především

cefalosporinům vyšších generací a karbapenemům.

Pracovníci laboratoře vyvinuli a jako první na světě publikovali přímou metodu detekce karbapenemáz za použití MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie. Jsou rovněž autory patentu pro detekci β-laktamáz.

Členové týmu

- doc. Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D. – vedoucí laboratoře

- Constantinos C. Papagiannitsis, Ph.D.

- RNDr. Monika Dolejská, Ph.D.

- Mgr. Kateřina Chudějová

- MUDr. Anna Skálová

- Dana Králová, DiS.

- MUDr. Tamara Bergerová

- Dr. Ibrahim Bitar, Ph.D.

- MDDr. Miroslava Chalupová

- Mgr. Vladislav Jakubů

- MUDr. Helena Janouškovcová

- Bc. Lucie Kraftová

- Ing. Veronika Pašková

- MUDr. Radka Walková

- doc. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D.

Vybrané publikace

- Hrabák J., Papagiannitsis C.C., Chudáčková E.: Detection of carbapenemases in Enterobacteriaceae: a challenge for diagnostic microbiological laboratories. Clinical Microbiology and Infection 20, 2014: 839–853. DOI: 10.1111/1469-0691.12678

- Papagiannitsis C.C., Kotsakis S.D., Tuma Z., Gniadkowski M., Miriagou V., Hrabak J.: Identification of CMY-2-type cephalosporinases in clinical isolates of Enterobacteriaceae by MALDI-TOF MS. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 58 (5), 2014: 2952–2957. DOI: 10.1128/AAC.02418-13

- Hrabák J., Papagiannitsis C.C., Študentová V., Jakubů V., Fridrichová M., Žemličková H. and Czech Participants of European Antimicrobial Resistance Surveillance Network:. First outbreaks of carbapenemaseproducing Klebsiella pneumoniae in the Czech Republic in 2011. Eurosurveillance 2013: 18(45): pii=20626

- Papagiannitsis C. C., Studentova V., Hrabak J., Kubele J., Jindrák V., Zemlickova H.: Isolation from a nonclinical sample of a Leclercia adecarboxylata producing a VIM-1 metallo-β-lactamase. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 57, 2013: 2896– 2897. DOI: 10.1128/AAC.00052-13

- Hrabák J., Studentová V., Walková R., Zemlicková H., Jakubu V., Chudácková E., Gniadkowski M., Pfeifer Y., Perry J.D., Wilkinson K., Bergerová T.: Detection of NDM-1, VIM-1, KPC, OXA-48, and OXA-162 carbapenemases by MALDI-TOF mass spectrometry. Journal of Clinical Microbiology 50, 2012: 2441–2443, DOI: 10.1128/JCM.01002-12

- Hrabák J., Walková R., Študentová V., Chudáčková E., Bergerová T.: Carbapenemase Activity Detection by Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation Time-of-Flight Mass Spectrometry. Journal of Clinical Microbiology 49, 2011: 3222–3227; DOI: 10.1128/JCM.00984-11

Zajímá vás tato expertíza?

Kontaktujte CPPT UK

Web: www.cppt.cuni.cz/

Mail: transfer@cuni.cz

Tel.: +420 224 491 255

Naši experti a jejich pracoviště:

doc. Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D.

Biomedicínské centrum

Web: www.biomedic-plzen.cz