Laboratoř klinické proteomiky ****************************************************************************************** * ****************************************************************************************** # BIOCEV # Proteomika, Proteomická analýza # iTRAQ, TMT, SILAC # Dvojrozměrná elektroferéza, MALDI, nano-HPLC # Hmotnostní spektrometrie "Naše laboratoř se pokouší popisovat molekulární mechanismy závažných onemocnění, vyhledáv využitelné biomarkery nebo odhalovat procesy zodpovědné za rezistenci nádorových buněk na ****************************************************************************************** * Co nabízíme ****************************************************************************************** - Identifikace bílkovin z gelů a roztoků (MS a MS/MS) - Proteomické analýzy komplexních vzorků - Značení a kvantiativní proteomická analýza typu iTRAQ, SILAC etc. - Proteomické analýzy buněk a tkání všech typů s využitím izotopických metod iTRAQ, TMT ne - Proteomická analýza integrálních membránových proteinů - Školení a servis v oblasti dvojrozměrné elektroforézy a dalších proteomických technik ****************************************************************************************** * Co umíme ****************************************************************************************** - Laboratoř je vybavena hmotnostním spektrometrem Autoflex typu MALDI TOF-TOF firmy Bruker - Přístroj je využíván především k identifikaci bílkovin po jednorozměrné i dvojrozměrné e i k profilování malých bílkovin a peptidů v tělních tekutinách. - V kombinaci s nano-HPLC a robotickým sběračem frakcí pro MALDI je hmotnostní spektrometr shot-gun proteomickým analýzám komplexních vzorků, nejčastěji s využitím kvantitativního z SILAC. ****************************************************************************************** * Oblasti výzkumu ****************************************************************************************** Proteom představuje kompletní sadu bílkovin, které se v daný okamžik nacházejí v organismu Proteomika usiluje o kvantitativní i kvalitativní popis proteomů a jejich fyziologických i změn. Nejmodernější proteomické postupy umožňují detekci a relativní kvantifikaci až 10 000 bílk experimentu a otevírají tak cestu k popisu mnohých fyziologických a patologických procesů úrovni. S pomocí proteomických nástrojů – účinných elektroforetických a chromatografických separač kombinovaných s hmotnostní spektrometrií – se naše laboratoř pokouší popisovat molekulární závažných onemocnění, vyhledávat klinicky využitelné biomarkery nebo odhalovat procesy zod rezistenci nádorových buněk na terapii. ****************************************************************************************** * Aktuální výzkumné projekty: ****************************************************************************************** - Proteomická analýza změn v myokardu při srdečním selhání - Proteomická analýza vývoje lékové rezistence u nádorů - Identifikace biomarkerů závažných onemocnění - Vývoj nových metod pro analýzu transmembránových bílkovin ****************************************************************************************** * Partneři ****************************************************************************************** - IKEM - Praha Ústav hematologie a krevní transfuze - Praha 2. LF UK - Praha Eunice Kennedy Shriver National Institutes of Child Health and Human Development ( - USA Thermo Fisher Scientific ****************************************************************************************** * Nejvýznamnější recentní výsledky ****************************************************************************************** - Lorkova L, Scigelova M, Arrey TN, Vit O, Pospisilova J, Doktorova E, Klanova M, Alam M, Maswabi B, Klener P Jr, Petrak J. Detailed Functional and Proteomic Characterization of Fl Resistance in Mantle Cell Lymphoma Cells.. PLoS One. 2015 Aug 18;10(8):e0135314 - Klanova M, Lorkova L, Vit O, Maswabi B, Molinsky J, Pospisilova J, Vockova P, Mavis C, L Kulvait V, Vejmelkova D, Jaksa R, Hernandez F, Trneny M,Vokurka M, Petrak J, Klener P Jr. of deoxycytidine kinase in cytarabine-resistant mantle cell lymphoma cells confers cross-r nucleoside analogs gemcitabine, fludarabine and cladribine, but not to other classes of an agents.. Mol Cancer. 2014 Jun 27;13:159 - Lorkova L, Pospisilova J, Lacheta J, Leahomschi S, Zivny J, Cibula D, Zivny J, Petrak J. concentrations of retinol-binding protein 4 in sera of epithelial ovarian cancer patients: biomarker identified by proteomics.. Oncol Rep. 2012 Feb;27(2):318-24.) - Petrak J, Pospisilova J, Sedinova M, Jedelsky P, Lorkova L, Vit O,Kolar M, Strnad H, Ben Cervenka L, Melenovsky V. Proteomic and transcriptomic analysis of heart failure due to vo a rat aorto-caval fistula model provides support for new potential therapeutic targets – m A and transglutaminase 2.2011 Nov 11;9(1):69) ****************************************************************************************** * Zajímá vás tato expertíza? ****************************************************************************************** Kontaktujte CPPT UK Web: www.cppt.cuni.cz/ [ URL "https://cppt.cuni.cz/"] Mail: transfer@cuni.cz Tel.: +420 224 491 255 ****************************************************************************************** * Naši experti a jejich pracoviště: ****************************************************************************************** doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy ve Vestci– B Web: https://www.biocev.eu/en [ URL "https://www.biocev.eu/en"] ****************************************************************************************** * English keywords ****************************************************************************************** # BIOCEV # Proteomics, proteomics analytics # iTRAQ, TMT, SILAC